小鼠的品種和品系很多，是實驗動物中培育品系zui多的動物。世界上常用的近交品系小鼠約有250多個，均具有不同特征。突變品系小鼠約有350多個。
1.以色而論，有白色、灰色、棕色、黃色、黑色等。如野生毛色小鼠有C3H、CBA/N等;黑色小鼠有C57BL/6、C57BL/10、C58品系等;灰色小鼠有C57L、DBA/2品系等;白色小鼠有A、AKR、BALB/c、RF、SWR等品系。
2.以腫瘤研究需要培育的品系很多，有自發瘤品系，如高癌株的C3/H/HCN、A系，津白Ⅱ號等;低癌株的C57BL/6N、C58、津白Ⅰ號等。誘發瘤品系，如乳腺癌小鼠:C3H、A品系等;胸腺癌小鼠:DBA(♀)、R111、BALB/C、C57BR等品系;肺癌小鼠:A、SWR、BALB/C、C57BL等品系;肝癌小鼠:C3H、C3He、C3Hf等品系;白血病小鼠:AKR、C58、C57BL等品系小鼠;卵巢癌小鼠C3H等品系。
3.為研究各種人類疾病需要培育的品系也很多，如研究心血管疾病的小鼠:DBA等品系;自家免疫性疾病小鼠:NZB/N、NZB×NZW等品系;腦積水病小鼠:C57BL/KaLwN、B10、D2/nSnN等品系;腎盂積水小鼠:C57L/N、STR/N等品系;白內障小鼠L:STAR/N等品系;多尿癥小鼠:STR/N、STR/lN等品系;腎臟病A/HeN等品系;腭裂小鼠:A/HeN(自發)、C57BL/6N(誘發)等品系;放射病C57BR/CdJN(有抗力)、BALB/CAnN、LACA(敏感)等品系;毒漿原蟲病小鼠:BALB/CAnN等品系;瘧疾小鼠:C58/LWN、DBA/1JN(對瘧原蟲感染有抗力)、C57L/N(瘧原蟲易感)等品系。
4.為供藥物和代謝等研究需要培育的品系有:礦物油過敏小鼠:BALB/CAnN等品系;免疫球蛋白缺乏小鼠:CBA/N等品系;胰島素敏感小鼠:C57BR/CdJN等品系;類固醇代謝障礙小鼠:C57BL/10scN;維生素K缺乏小鼠: CBA/CaHN等品系;鎮靜劑實驗小鼠:SJL、NZW等品系。
在微生物和各種實驗研究中，以小白鼠zui為普遍，有英國種、法國種、德國種和瑞士種等，而以瑞士種zui著名。目前我國各生物制品、醫學研究單位繁育的小白鼠為昆明小鼠，該品系為封閉種群，zui早在抗日戰爭時期從緬甸而來，在云南昆明繁殖，經過多年培育繁殖而成，該品系小鼠體型較大，繁殖力強。
昆明小鼠簡稱
KM小鼠，是我國生產量、使用量zui大的遠交群小鼠，來源于swiss小鼠。它基因庫大，基因雜合率高，我國學者已從
KM小鼠遠交群中先后培育出不少近交系小鼠。經50多年的選育，現在
KM小鼠腫瘤自發率極低。不同地飼養的昆明小鼠封閉群的生長發育與繁殖性能存在一定差異。但其共同特點是抗病力和適應力很強，繁殖率和成活率高。它在我國生物醫學動物實驗中約為小鼠總用量的70%。
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