孢子蟲無明顯運動細胞器，全部發育階段均營寄生生活。生活史較復雜，有無性的裂體增殖、孢子增殖和有性的配子生殖兩種生殖方式，并可以在同一個宿主或分別在兩個不同宿主體內完成。寄生于人體的孢子蟲主要有瘧原蟲、剛地弓形蟲、卡氏肺孢子蟲、隱孢子蟲等。

瘧原蟲是營寄生生活的孢子蟲，主要寄生于人及多種哺乳動物，少數寄生于鳥類和爬行類動物，目前已知有130余種。寄生于人體的瘧原蟲主要有間日瘧原蟲、惡性瘧原蟲、三日瘧原蟲和卵形瘧原蟲等。瘧原蟲的基本結構包括胞核、胞質和胞膜，用瑞氏或吉姆薩染色后，胞核呈紫紅色，胞質為藍色。瘧原蟲在人體內先后在肝細胞和紅細胞內發育，而且其致病是在紅細胞內期裂體增殖時發生的。瘧原蟲在紅細胞內發育包括小滋養體、大滋養體、裂殖體和配子體四個階段，可通過瑞氏或吉姆薩染色觀察其不同時期的不同形態。

瘧原蟲的病原學檢查主要分為厚、薄血膜染色鏡檢法和血沉棕黃層定量分析法(QBC)。厚血膜中原蟲比較集中，易檢獲，但制片中紅細胞容易溶解，原蟲形態有所改變，蟲種鑒別比較困難；薄血膜中紅細胞不易被破壞，瘧原蟲形態結構較完整、典型，容易識別和鑒別蟲種，但原蟲密度低時容易漏檢；故常采用一張玻片同時制作厚、薄兩種血膜，用瑞氏、吉姆薩或吖啶橙染色查找瘧原蟲的存在。QBC分析法的原理是由于感染瘧原蟲的紅細胞比正常紅細胞輕，而比白細胞略重，離心分層后，集中分布于正常紅細胞層的上部，白細胞層的下部，加入吖啶橙試劑后，用熒光顯微鏡觀察結果，敏感度比普通鏡檢法高很多，更簡便、快捷，但費用較高。

Leagene瘧原蟲染色液(吖啶橙染色液) 由吖啶橙和磷酸鹽等組成，主要是采用熒光染料吖啶橙進行厚薄血膜的染色，通過滲透、吸附和化合等作用與寄生蟲或組織細胞的不同成分結合，成為帶熒光的標本，再經過熒光光源的激發，使結合的熒光素的標本發出熒光，通過熒光顯微鏡在暗室中觀察瘧原蟲的存在，本法簡單、快捷，檢出率高于常規法。該試劑僅用于科研領域，不適用于臨床診斷或其他用途。